Cotillas en el siglo XVI, nuevos pleitos por el regadío
En 1529, según unos visitadores reales, Cotillas contaba con 49 vecinos. Todos eran pobres y necesitados. Además, el señorío de Cotillas ocupaba una superficie reducida y con grandes dificultades para acceder al agua de regadío. La solución a esa doble problemática (pobreza y escasez de agua) era llevar a cabo obras hidráulicas. Pero la oposición de Ceutí y de Alguazas hizo que no fraguasen los proyectos.
En 1532, Juan Pérez Calvillo intentó llevar agua a sus tierras de Cotillas, construyendo un ramal desde la acequia de Alguazas hasta Cotillas. A tal fin llegó a un acuerdo con los señores de Alguazas (Obispo y Cabildo), ratificado por los vecinos de esta localidad, por el cual se comprometía a costear las obras de una ampliación de la acequia alguaceña (mayor anchura y profundidad). Sin embargo, las familias Guevara y Dávalos, cada una dueña de la mitad del señorío de Ceutí, pleitearon contra las pretensiones de Calvillo alegando sus derechos sobre la acequia de Alguazas. Este proceso no dejó de repetirse de manera secular y con escasas variaciones, impidiendo a Cotillas acceder al agua del Segura, aunque este río atravesara su jurisdicción.
Tras una historia conflictiva parece ser que la acequia de Calvillo logró regar de forma intermitente Cotillas entre 1576 y 1631, antes de arruinarse definitivamente a causa de los desbordamientos del río Mula. Entrase o no en funcionamiento la nueva acequia, lo cierto fue el fracaso del cultivo de la morera (frente a la viña y los cereales) y el estancamiento demográfico de Cotillas, que pasó de 49 vecinos (1530) a 65 (1591).
La crisis del siglo XVII en Cotillas
En 1610, la población de Cotillas era de 168 habitantes. De ellos 115 eran cristianos viejos y 54 moriscos. Ello permite obtener dos conclusiones: en Cotillas, al contrario que en la mayoría de las poblaciones vecinas, había más cristianos viejos que moriscos; por otro lado, la expulsión de los moriscos no debió afectar mucho a este señorío. El fin de la dinastía de los Calvillo se produjo en 1627, en la persona de Juan Pérez Calvillo. El señorío de Cotillas pasó a unos primos lejanos de ese último señor, los Balboa, y más tarde a los Bustos. La crisis del siglo XVII redujo el margen de maniobra de los propietarios de la tierra. Los señores de Cotillas se caracterizaron por su absentismo y abandonaron todo proyecto de mejora hidráulica para la localidad.
La propiedad capitalina en la Vega Media no dejó de crecer en relación con las instituciones eclesiásticas y los mayorazgos. Ello generó el debilitamiento del campesinado local. A fines del seiscientos, Cotillas vivió una época de recuperación económica y demográfica, que llegó a su fin debido a una epidemia de paludismo, cuyos efectos asolaron la Vega Media del Segura. De hecho, se pasó de 42 vecinos (1692) a sólo 25 (1719).
El siglo XVIII en Cotillas, epidemias y pleitos
Hasta principios del siglo XVIII, el cultivo predominante era el arroz. Pero la presencia permanente de aguas estancadas convirtió los arrozales en foco de epidemias (paludismo y fiebre amarilla). Para evitar el contagio, la población emigraba a otros lugares. Y a la despoblación había que unir la ruina económica. Por ello, en 1720 se prohibió cultivar arroz a orillas del Segura, quedando relegado a la zona de Calasparra. En cuanto al funcionamiento del señorío de Cotillas se introdujeron cambios en el ejercicio de poderes. Los señores controlaban el Concejo, pero perdieron la iniciativa en la política hidráulica. Comenzaron a ser los propietarios de la huerta, es decir el heredamiento, los que a inicios del XVIII nombraban al alcalde de la huerta (que impartía justicia en las disputas sobre propiedad y regadío).
Don Cristóbal Antonio Bustos y Balboa, segundo marqués de Corvera y señor de Cotillas, pleiteó contra los terratenientes (locales y foráneos) del señorío. En 1717 y 1721 fracasó en su intento por restablecer las cargas señoriales de 1454. Más adelante luchó para que todas las tierras de Cotillas estuviesen sujetas a su mayorazgo, pero las sentencias favorables de 1738 y 1740 fueron anuladas. Por último, en 1751, la Real Chancillería de Granada dictó sentencia a favor de los labradores de la zona de secano de Cotillas, que evitaron así el aumento de impuestos pretendido por el segundo Marqués de Corvera.
En el siglo XVIII, Cotillas pagaba a su señor rentas de 2.177 ducados. En 1771-1775 la cifra ascendió a 3.500 ducados, modesto crecimiento si se tiene en cuenta la inflación de la época. En 1776, Don Rafael Antonio Bustos, tercer marqués de Corvera, falló en su intento por reunir en un solo emplazamiento la población de Cotillas, que se repartía en tres núcleos: Cotillas la Vieja, Casas Blancas y Las Torres. Éste es el inicio del cuestionamiento del régimen señorial.
En definitiva, la familia Bustos no consiguió elevar su tasa de detracción ni recuperar el dominio útil de las tierras, por tanto la rentabilidad de su señorío se estancó. Con todo, el principal problema seguía siendo la escasez de agua, de ahí la preocupación constante por mantener limpios los cauces de agua, debido al escaso caudal. Mientras tanto, en consonancia con la gran expansión del reino de Murcia durante el siglo XVIII, la población de Cotillas ascendía a 1.379 habitantes, según el Censo de Floridablanca (1787). Por ello no es de extrañar que entre 1795 y 1796 se edificase la parroquia dedicada a Nuestra Señora de la Salceda.