La llegada de los árabes y la fortificación de Molina de Segura
Para algunos historiadores el origen de Molina de Segura se encuentra en su función de posta o parador de las calzadas romanas que la surcaban, concretamente apuntan a su nacimiento en el cruce que unía Alicante con Córdoba y Saltigi (Chinchilla) con Cartagena, además de pasos secundarios como Mula y Fortuna. Otros autores otorgan a Molina de Segura un origen eminentemente árabe. Los árabes la llamaron Mulinat as-Sikka. Sea de una forma u otra, lo que sí es cierto es que los árabes hicieron de Molina de Segura una fortaleza, la cual potenciarían con el paso del tiempo, como quedó patente cuando se defendieron de los omeyas en el siglo IX. El primer dato escrito es de este origen, cuando los omeyas entraron en territorio murciano y acamparon frente al husun Mulina (896). Dos siglos después (1096) el Cid Campeador vino para reunirse con el Rey Alfonso VI, e ir juntos a la defensa de Aledo, pero no se vieron por partir el Rey antes de su llegada.
La situación privilegiada de Molina de Segura la convirtió en un lugar idóneo para instalar una fortificación, que protegiese el cruce de caminos que llegaban de Murcia, así como refugio para los que tuviesen que enfrentarse a la capital. Se encontraba a medio camino entre el río Segura y el camino real de Castilla, muy cercana a la ciudad de Murcia y con su casco antiguo encaramado en un cerro, desde el que se divisa una espléndida panorámica de la vega.
Los restos cerámicos y materiales aparecidos en las excavaciones de 1990 y 1997, asociados a las murallas de la villa de Molina de Segura, atestiguan que en el siglo XI ya existía una plaza fuerte o hisn. Este hisn se mantendría durante todo el siglo XII y, sólo a finales de esta centuria, se realizaría una muralla para dar cobijo a la población. De esta forma se sabe que, durante los siglos XI y XII, Molina de Segura sólo existió como castillo (hins) y que, a finales del siglo XII y primeros del XIII, se agrupó a su alrededor una población que pudo ser cobijada por una muralla que la circunvalaría. En el siglo XII, el geógrafo al-Idridi menciona a Molina como un castillo o lugar de la ruta Murcia-Segura.
Ibn Mardanix, el mítico y controvertido Rey Lobo, se hace con el trono del reino independiente de Murcia, para el que procura largos períodos de paz, engrandeciéndolo y enriqueciéndolo, gracias a su largo período de reinado (1146-1172). Ibn Mardanix intentó mantener la independencia política frente a los almohades y a los ejércitos cristianos, convirtiéndose en el representante de un nacionalismo andalusí, que fue constante durante las segundas y terceras taifas, coincidentes con los períodos finales de los Imperios almorávide y almohade, respectivamente. Para Molina de Segura la llegada de Ibn Mardanis coincide con una época de esplendor, ya que el Rey Lobo le daría un notable impulso y fortalecería sus murallas. Además, el reyezuelo Ibn Mardanis sangró el río Segura por La Algaida, con el fin de regar sus tierras, consiguiendo así un aumento de población cristiana.
La vuelta de Molina de Segura al poder castellano
Con la firma del Tratado de Alcaraz en el siglo XIII, Murcia y otras fortalezas árabes se someten a Castilla, reconociendo la soberanía de Fernando III 'El Santo'. En Molina de Segura la ocupación efectiva se realiza en 1266, fecha a partir de la cual seguirán conviviendo en su territorio moros y cristianos.
Tras la Reconquista el término árabe de Mulinat-as-Sikka fue transcrito como Molina Seca, topónimo que, paradójicamente, no hace referencia a característica climática alguna, sino más bien al emplazamiento del municipio y a su carácter de encrucijada, ya que se podría traducir como Molina de la Calzada. El término Molina Seca fue empleado en los documentos cristianos hasta el siglo XV, a partir del cual se utilizó el topónimo Molina, para designar la villa y así permaneció hasta el 9 de julio de 1916, en que pasó a denominarse Molina de Segura. Tras los avatares de la Reconquista castellana se crea en Molina de Segura el Heredamiento Agrícola, para la administración de la huerta, sus riegos y cultivos. Con el Rey Alfonso X 'el Sabio', Molina pasará por varias manos, hasta terminar en las del mítico escritor, político y militar don Juan Manuel.
El infante don Juan Manuel y el señorío de los Fajardo
Durante el siglo XIV don Juan Manuel pasó a desempeñar un activo papel en la política murciana, atalaya desde la cual fijó sus ojos en Molina de Segura, bajo el pretexto de que formaba parte del territorio del adelantamiento y era paso natural de los emisarios procedentes de la Corte. Don Juan Manuel no cesaría en su empeño de hacerse con Molina hasta conseguir que Fernando IV se la cediera en el año 1311, con lo que saldaba una deuda de 140.000 maravedíes, que el Rey había contraído con él. La época en la que don Juan Manuel tuvo jurisdicción sobre Molina Seca se caracteriza por la inestabilidad y la turbulencia, especialmente en lo referente a las relaciones de la villa con la ciudad de Murcia, que la tendría como enemiga acérrima, pese a las protestas de los vecinos de Molina Seca en contra del adelantado.
La población de Molina de Segura se incrementó durante este período y se consolidó como lugar de cierta importancia. Unos restos hallados en la calle Honda atestiguan que don Juan Manuel también potenció la fortificación. Tras la muerte del adelantado, Molina Seca sería víctima de diversos avatares sucesorios, propiciados por las ambiciones de los personajes del Medievo. Finalmente, Molina fue restituida al dominio real bajo el reinado de Enrique de Trastámara.
Con el rey Enrique III de Castilla en el trono (1379-1406), Alonso Yánez Fajardo, adelantado del Reino de Murcia, recibe Molina de Segura en régimen de señorío en 1395. Sin embargo, fue su hijo Juan quien hizo efectivo el albalá real mediante la emisión de una carta de privilegio, otorgada al Concejo de Molina Seca en 1396, en la que se establecían las relaciones del Concejo con el nuevo señor. Con los Fajardo, especialmente con Alonso Yánez Fajardo y con Pedro Fajardo, Molina sufrió numerosos ataques, cercos y asaltos, tanto ocasionados por la ciudad de Murcia debido al enfrentamiento entre señores, como por las andanzas moras en territorio murciano. Finalmente, con la mayoría de edad de Pedro Fajardo, el Reino alcanzó una relativa calma, que se dejó notar en Molina Seca.
