Yusor, la Fortuna musulmana
La denominación que recibió la población en época árabe fue Yusor, que significa ser afortunado. Parece ser que de ahí derivaría el nombre de Fortuna. Un escrito de la época informa que el último rey musulmán de Murcia, al-Watiq, tras rendirse a Alfonso X en 1264, recibió de los castellanos el Castillo de Yusor. La Historia de Fortuna durante la época musulmana apenas está documentada. Las investigaciones del principal yacimiento de la época, el Castillo de los Moros, podrían permitir conocer mejor los aspectos medievales del municipio, situándolos en su contexto regional. Todo parece indicar que, tras el apogeo que experimentó la comarca en época romana, sufre un periodo de recesión durante el periodo islámico. Los niveles de población descendieron, dado lo precario de su agricultura. Es significativo que en los documentos medievales jamás se emplea la palabra 'villa' y sí la de 'lugar', lo que confirma su baja densidad de población y escasa importancia durante los siglos XIII y XIV.
En las excavaciones de los Baños de Fortuna se ha constatado la ocupación y utilización de estas instalaciones termales por los musulmanes. El yacimiento árabe de mayor trascendencia en Fortuna es el de la Torre Vieja. Conocido popularmente como el Castillo de los Moros, se encuentra a un kilómetro y medio al sur de Fortuna, en un reducido valle en el que se situaba una aldea islámica. Su vigencia data desde el siglo XII al XIV. El Castillo se construyó a base de muros encofrados de cal y piedra y tiene un escaso perímetro. Su lado más ancho tiene 40 metros y 15 m. en el más estrecho, con una planta rectangular. El Castillo estaba circundado por una agrupación de casas dependientes del señor de Fortuna.
Sancho IV y la compra de tierras a musulmanes y judíos
En 1293 Sancho IV aprueba en las Cortes de Valladolid un mandamiento que obliga a los musulmanes y judíos a vender las tierras que poseían. Como consecuencia el Rey moro, que ostentaba el señorío de Fortuna, hubo de venderlo a un poblador cristiano. En junio de 1295, Abrahim ibn Hud vendió a Aparicio de Nompot la totalidad del señorío de Fortuna por 3.000 maravedíes, incluyendo torres, casas, aguas y pastos. Luego, las posesiones pasaron a su yerno Pedro Geralt. Aquí comienza la castellanización de Fortuna y su inserción dentro del contexto de Murcia, del cual se había visto aislado al ser el último refugio del monarca musulmán.
La guerra entre Aragón y Castilla supuso un tremendo caos en los reinos fronterizos arrebatados a los musulmanes. Finalizada la contienda, muchos tuvieron que reclamar sus derechos sobre las tierras que tenían en posesión. Pedro Geralt, que había comprado Fortuna, solicitó a Fernando IV que se le reconocieran sus posesiones. La Orden de Santiago luchó al lado de Fernando IV contra Aragón. Como contrapartida a este apoyo recibió la potestad sobre todas las fortalezas del reino de Murcia. Fortuna se entregó también a la Orden, ignorando los documentos sobre su venta, que otorgaban la posesión de la villa a la familia de Geralt.
Pedro Geralt reclamó insistentemente, apoyado por el Concejo de Murcia, la validez de la compra de Fortuna. Finalmente se le reconoció y pudo formar el señorío en las tierras del camino de Orihuela. Desafortunadamente no encontró manera de repoblar un territorio que llevaba tiempo baldío, sin casi alicientes. Los moriscos realojados en Murcia prefirieron las fértiles zonas de la Huerta. El señorío de Fortuna fue cada vez más en detrimento, siendo abandonado a su suerte. Durante el siglo XIV se vio convertido en zona de pastos para los territorios vecinos de Abanilla y Orihuela. Finalmente, en 1379 fue comprada por el Concejo de Murcia y se anexionó como aldea al territorio murciano. Los territorios de Abanilla y Orihuela, colindantes con Fortuna, habían quedado en posesión de la Corona de Aragón. Esto ocasionó enfrentamientos y disputas continuas con el Concejo de Murcia, perteneciente a la Corona castellana. El territorio más conflictivo fue el de Cañada Hermosa, que llegó a conocerse como Cañada de la Contienda. Los Baños de Fortuna se cerraron con vallas para que no pudieran usarlas los foráneos.