Las Salinas de San Pedro son el resultado de la transformación de una antigua zona lacustre generada por los aportes de la Rambla de las Siete Higueras, en el vértice Norte del Mar Menor, separadas del Mar Mediterráneo por una estrecha franja de dunas fijadas, en gran parte, por la vegetación. El gradiente de salinidad aumenta de Norte a Sur. En las charcas salineras del límite Norte del Parque se desarrolla el carrizo por la intrusión de agua dulce.
Las dunas de la Playa de la Torre Derribada tienen una altura superior a 3 m, y entre estas y las charcas salineras se localizan los saladares y juncales. La playa está sometida a continuos cambios debido al aporte de materiales arrastrados por las olas y el viento.
Las Encañizadas, paso natural de agua entre el Mar Mediterráneo y el Mar Menor, son una zona de aguas someras y fondos fangosos con abundantes restos de algas y plantas marinas arrancadas de los fondos próximos de ambos mares.
Su carácter pseudomareal, muy escaso en el Mediterráneo y lo que hace tan peculiar esta laguna marina, se debe a que las masas de agua están reguladas por el régimen de los vientos.