El estado de conservación de los humedales guarda una estrecha relación con el tipo de usos por parte del hombre. Cierto es que la actividad humana puedes ser fuente de impactos, pero en muchos casos también ha contribuido a la conservación de algunos humedales mediante el mantenimiento de actividades tradicionales y sostenibles, resultando, a veces, más perjudicial su abandono que la actividad en sí misma.
La ganadería, la agricultura, la pesca y la extracción de sal son los principales aprovechamientos que el hombre realiza en estos medios húmedos. Otras actividades como la interpretación de la naturaleza, la caza o las actividades de recreo adquieren importancia localmente.
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En las charcas y los criptohumedales predomina el uso ganadero, mientras que las fuentes y manantiales suelen emplearse como abrevaderos para los rebaños. Estos humedales también experimentan algún uso recreativo e incluso algún aprovechamiento cinegético.
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La función primordial de los embalses es la regulación hídrica y el control de avenidas, suministrando, además, agua para riego. También son frecuentes en pastoreo y la caza en sus zonas limítrofes.
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En los humedales con salinas costeras activas predomina la extracción de sal, estando, también, presentes la ganadería y los usos terapéuticos de los lodos.
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Las salinas interiores tienen su actividad principal en la extracción de sal, aunque solo se desarrolla en la tercera parte de las mismas.
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Los bosques de ribera únicamente son utilizados para actividades recreativas de bajo impacto.
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En las encañizadas, debido a su gran riqueza piscícola, se desarrollan actividades de pesca y marisqueo.
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El Mar Menor es fuente de buena pesca y buen marisco, aunque también es un importante centro donde se desarrollan actividades recreativas. Los usos terapéuticos también tienen lugar en algunas zonas donde se aprovechan sus lodos para la talasoterapia.
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Los arrozales muestran como actividad básica la agricultura, produciendo un arroz de excelente calidad, el único con denominación de origen.