Uno de los valores más conocidos de los humedales es la fauna vertebrada, especialmente las aves.
Los datos de los censos, llevados a cabo durante años en los humedales de la Región de Murcia, arrojan una media de 5.000 aves acuáticas invernantes, repartidas entre 67 especies. De ellas, 33 especies de aves acuáticas nidificantes suman en promedio más de 950 parejas.
Otras especies de aves no acuáticas (terrera marismeña, ortega, sisón, curruca tomillera) dependen de ciertos criptohumedales esteparios, y otras como el avión zapador o el aguilucho cenizo tienen poblaciones importantes en embalses o saladares.
Pero, evidentemente, no son las aves los únicos exponentes de la biodiversidad de los humedales. Entre los vertebrados, se han citado hasta 5 especies de anfibios, 3 de reptiles, 16 de mamíferos, y 3 de peces.
De entre esta amalgama zoológica podemos destacar a la nutria, al galápago leproso y al fartet por ser tres emblemas dentro de la fauna vertebrada.
Los invertebrados acuáticos, para los que los humedales representan auténticos refugios, son numerosísimos, aunque para muchos de nosotros pase desapercibidos.
A pesar de ello no están exentos de interés biogeográfico, y su papel dentro de los ecosistemas como eslabón de la cadena trófica es fundamental.