En la actualidad, el Museo de la Vera Cruz se sitúa en las dependencias anexas al Santuario, compartimentado en tres salas o estancias superpuestas.
En el subsuelo se sitúa la primera, conteniendo los restos arqueológicos de la muralla del castillo medieval interior de la fortaleza. La segunda se ubica en planta baja, coincidiendo con el claustro bajo, y contiene una muestra de orfebrería relacionada con el culto a la Vera Cruz a través de los últimos siglos.
La tercera, en primera planta, contiene además de piezas de orfebrería, bibliografía antigua, la colección de tablas renacentistas (la mas antigua representación gráfica del aparecimiento de la Vera Cruz) de Hernando de Llanos (discípulo de Leonardo da Vinci), así como la casulla y ornamentos eclesiásticos atribuidos al sacerdote Gines Pérez Chirinos.
Anexa se encuentra la Sala de Cabildos de la Real e Ilustre Cofradía de la Santísima y Vera Cruz de Caravaca, con muestras relativas al pasado de la institución (bulas papales, privilegios...), así como la galería de fotografías de algunos de los hermanos mayores de la R.e I. Cofradía de la Santísima y Vera Cruz de Caravaca de los siglos XIX y XX.
Siguiendo el itinerario histórico monumental se suceden rincones de rancio sabor, no en vano diversas órdenes religiosas buscaron sosiego en Caravaca y dejaron un rico patrimonio

La fortaleza ha ido cambiando su fisonomía a través de los tiempos. En los primeros siglos, debido a circunstancias estratégico-guerreras. Después para acondicionarla a los distintos usos que ha tenido.
El recinto amurallado forma un heptágono circunvalado por catorce torreones, el más elevado de ellos, la torre del homenaje, pieza fundamental en los monumentos de arquitectura defensiva medieval que en Caravaca recibe el nombre de "Torre Chacona" en recuerdo de D. Juan Chacón quien la remodeló para su acomodo personal. Asimismo dispone de tres aljibes, cuya misión a través de los tiempos ha sido trascendental, sobre todo en épocas de asedio, las cuales proporcionaron el abastecimiento de agua.
La fortaleza se utilizó como tal en época moderna durante la guerra de sucesión y durante la independencia contra los franceses. con motivo de esta última se instalaron varios cañones en dirección al valle del Argos, en 1812, cuyo fuego intermitente se hostigó a una columna francesa que procedente de Andalucía, se retiraba, utilizando el cauce del río, en dirección a Murcia. La escaramuza se dio frente a la ermita de Santa Inés, motivando la incursión francesa en la ciudad y el incendio de la misma, hecho recogido en las Actas capitulares del archvo de la Real e ilustre cofradía de la Santísima y Vera Cruz de Caravaca.