Del siglo XIII al XVII
De los siglos que transcurren entre el XIII y el XVII se dispone de escasa información arqueológica, teniendo que recurrir a las fuentes documentales. Durante este tiempo, los Baños de Fortuna quedaron abandonados; tan sólo los vecinos de la zona, muy escasos, acudían al monumental edificio romano a tomar las aguas o bien para aprovechar sus aguas para el riego. Es una de época de crisis en el Sudeste; muchas tierras quedaron abandonadas tras la expulsión o emigración de la población morisca y no fueron repobladas hasta entrado el siglo XVI. El contexto político y económico no animaba a los vecinos de otros lugares a acudir, como habían hecho durante la romanización y los siglos XI y XII, a los Baños de Fortuna con el propósito de bañarse en sus aguas medicinales.
El uso de las aguas
Aún durante la crisis, Fortuna conservó su importancia. La posesión de los Baños fue objeto de disputas entre los concejos de Abanilla y Fortuna, decantándose finalmente los pleitos por este último. Además, aunque el baño había pasado a tener una importancia secundaria, sus aguas fueron utilizadas para el riego de tierras.
El uso del agua fue regulado con este fin en diferentes ordenanzas municipales, siendo objeto de conflictos entre los vecinos por el uso inadecuado de la misma. Así, en 1630 fue denunciado un agricultor por regar sus tierras con más agua de la que tenía derecho y fuera del horario establecido, "regó oy dicho dia en sus uancales y haçienda que tiene en el camino de los uaños, mas agua de la que era suya y no a dexo venir la dicha agua a la balsa desta uilla a las oras que se acostumbra". Además, era utilizada para impulsar dos molinos harineros y por medio de una acequia transportada hasta Fortuna para el consumo de sus habitantes.
La construcción de la hospedería
A mediados del siglo XVII, Fortuna volvió a experimentar un período de auge. En una coyuntura política y ecónomica más favorable, además del creciente interés que por las aguas mineromedicinales fue cobrando toda Europa, los Baños de Fortuna fueron testigos de un creciente número de visitantes, acogidos y abastecidos de víveres y alimentos por los habitantes de los Baños, dueños de "cantidad de casas palaçios de particulares", que eran alquilados a los que acudían a los Baños "en gran cantidad de marabedis para que se recoxan en los dichos palaçios los que así se bienen a curar, a sudar y tener su abitaçion por nobenas". Para evitar los precios abusivos que se cobraban "sin tener consideraçión a pobres ni a ricos", el concejo de Fortuna mandó construir una casa en la que se diera albergue y donde "se bendan todas las dichas cossas a preçios justos y moderados".
Los restos arqueológicos
La casa mandada a construir por el Concejo fueron dos edificios de planta rectangular separados por una calle. Los muros, levantados en mampostería con argamasa, eran de mala calidad, reforzados en algunos lugares mediante contrafuertes. Las habitaciones, desprovistas de decoración, eran de pequeño tamaño; sus suelos de tierra apisonada. La mala factura del edificio parece deberse a que éste no fue más que un alojamiento provisional, mientras se construían los edificios definitivos, situados en el lado contrario y conservados hoy en día.
