Los Baños han estado en uso, al menos desde época romana, aunque es indudable que los iberos utilizaran y acondicionaran este manantial de agua, situado a 300 metros del poblado del Castillejo de los Baños. Los períodos de los cuales se tiene menos información son de los siglos V-IX d.C. y del XIII al XVIII, por la ausencia de fuentes documentales empiezan a cobrar luz gracias a las intervenciones arqueológicas. Las excavaciones llevadas a cabo junto al Balneario Romano han descubierto dos edificios con seis habitaciones cada uno, separados entre sí por una calle, que delatan la intervención municipal a principios del siglo XVII. Se trata de los estancos que formarán la Hospedería, construida para alojar al creciente número de visitantes, que comenzaban a acudir a Fortuna atraídos por sus aguas termales.
Desde la reconquista del reino de Murcia hasta el siglo XVI nos encontramos en el yacimiento de Baños de Fortuna ante un gran vacío; apenas hay restos arqueológicos, únicamente cerámica, lo que parece indicar que el edificio fue completamente abandonado durante estos siglos. No se hicieron obras de mantenimiento en el conjunto, lo que conllevó su progresivo deterioro. Sin embargo, continúo el uso, aunque de manera residual, de su agua para el riego de las tierras y el baño ocasional de los vecinos de la comarca. Durante todo el siglo XVI, sobre todo durante la segunda mitad, contamos con referencias documentales al uso de los Baños. Sabemos que debió existir un lugar exclusivo para el baño de las mujeres: "iten que asimesmo las mugeres del dicho lugar puedan lauar en el baño de las mugeres, donde hasta aquí an acostumbrado lauar".
La Carta Puebla
Además, las disputas entre los campesinos moriscos de Fortuna y los señores de estas tierras fueron contínuas. El régimen señorial se había extendido por la Región de Murcia, al tiempo que se agudizaron los conflictos entre los señores, deseosos de sacar rentabilidad a sus tierras, y los habitantes del lugar. Estos pleitos no se resolverán hasta que Fortuna, por medio de la Carta Puebla, obtenga la independencia de Murcia y comience a gestionar el agua de los Baños (primera mitad del siglo XVII). A partir del siglo XVII se constata cierto resurgir en su utilización con fines medicinales. En 1630, para evitar los abusos que se cometía con el agua, el Ayuntamiento de Fortuna pasa a organizar los Baños. Los documentos aluden a construcciones, alquiladas por sus dueños, a los continuos visitantes que acuden a los Baños e incluso se muestra la intención del Ayuntamiento de establecer un comercio para atender las demandas de los usuarios del Balneario.