En 1304, la ocupación de Jaime I de Aragón del territorio murciano supuso una revisión de la administración territorial. El rey hizo concesión del lugar de Fortuna a la Orden de Santiago, frente a la oposición del concejo de Murcia, que defendía los derechos del antiguo comprador de la villa, Pedro Gueralt (que luego se haría llamar Guerao, castellanizando el apellido), que finalmente la recuperó en 1308. Se sucedieron los propietarios de Fortuna, vendida una y otra vez a pequeños señores, hasta que en 1379 pasó a manos del Concejo de Murcia. Los cambios de señores afectaron al desarrollo de la comarca, sumida en una crisis, tras el aparente abandono de sus antiguos propietarios moriscos. No sería hasta el siglo XV cuando se aprecia un resurgir evidente de la que era aldea de Murcia, aunque administrada por señores que intentaron repoblarla con cristianos y devolverle cierta prosperidad. Durante estos siglos modernos (siglos XV y XVI) no existen muchos datos documentales; debemos esperar hasta el siglo XVII para tener más información sobre el devenir de la villa.
En el año 1631 se completaba el proceso jurídico civil por el que Fortuna conseguía su independencia del municipio de Murcia y se constituía en villa independiente. Este proceso se ratificaba en la Carta Puebla (documento jurídico en el que se contenían las condiciones por las que un pueblo pasaba a ser independiente. En ellas la figura del rey queda como garante de las normas reguladoras del proceso a llevar a cabo. Aunque a partir del siglo XIV las cartas de población, o fueros municipales, fueron cediendo en importancia a leyes más generales de ordenamiento del territorio de la Península, no dejaron estas herramientas jurídicas de tener su relevancia. En el caso de Fortuna, sus habitantes pudieron disfrutar no sólo de un territorio autónomo delimitado y no dependiente jurídicamente de Murcia, sino también de sus propios alcaldes y autoridades.
Aunque la Carta Puebla se ratificó en 1631, los prolegómenos a esta nueva realidad jurídica de la villa de Fortuna comenzaron cuando en 1618, con autorización del monarca Felipe III, se concedía a la villa el poder de pedir censos o préstamos, para comenzar el proceso de autonomía. Como era habitual en estas disposiciones legales podríamos decir, grosso modo, que los pueblos tenían que comprar su independencia, consiguiendo avales y préstamos para afrontar lo que, a fin de cuentas, sería un contrato o escritura de venta. Así, en 1625, Fortuna tuvo que depositar 100.833 escudos ante la Real Cancillería para proceder a la compra de su jurisdicción. Aún en 1627, el rey Felipe IV tuvo que obviar una oferta de la ciudad de Murcia, de mil quinientos ducados, y aceptar la oferta que Fortuna hacía, que sería finalmente de dieciocho mil treinta maravedís por vecino y siete mil doscientos cincuenta ducados por término de legua legal, según constaría en la escritura.
En los años siguientes al concierto de la escritura, se procedería al nombramiento de las autoridades de Fortuna y al rito de toma de posesión de los cargos de estos y de la villa en sí, a través de los lugares más significativos, como tabernas o comercios. No sería hasta 1628 cuando se procediera a señalar los mojones del territorio, no sin reclamaciones de Murcia y vecinos colindantes sobre la legalidad del proceso. Sabemos también que el 27 de junio de 1628 se daría a la villa la posesión de los Baños. El 20 de diciembre de 1631 se notificaría a la Cancillería Real que el proceso había concluido.
