El estudio arqueológico del Santuario de Fortuna se completa con la comparación de otros edificios similares, conocidos a lo largo y ancho del Imperio Romano. La búsqueda de paralelos de los Baños de Fortuna ha aportado resultados diversos, localizándose ejemplos parecidos en tres áreas geográficas muy concretas: el Próximo Oriente, Grecia y el Mediterráneo Central (Sicilia y el Norte de África). Aunque cada uno de ellos presenta rasgos propios y no son coincidentes con los restos conservados en Fortuna, han ayudado a la mejor compresión del Santuario de las Aguas.
En Oriente Próximo hay un nacimiento termal parecido al de Fortuna, la fuente Efca de Palmira, que presenta un graderío tallado en la roca similar al que ha sido excavado junto a la surgencia de agua termal del Balneario. En Grecia, en la isla de Tino hay un ninfeo articulado en torno a una exedra, similar en planta y distribución de espacios al yacimiento de Fortuna; se trata del santuario de Poseidón y Anfititre, donde la exedra constituye la parte central de una gran fuente flanqueada con dos alas laterales. Otro ejemplo parecido, mucho más monumental, se localiza en Olimpia.
En la Magna Grecia se documentan ejemplos más similares al Balneario de Fortuna, aislados de cualquier elemento arquitectónico superfluo, alejados de centros urbanos y perfectamente integrados con el entorno natural. Destaca el Santuario de Pan y de las Ninfas, en Grotta Caruso (Locri Antica), un santuario rupestre con una fuente sagrada dedicada a las ninfas. En Túnez encontramos el santuario romano de Zaghouan: dos escaleras simétricas, dispuestas una enfrente de la otra, a ambos lados de una piscina, que tiene una planta con forma de dos círculos secantes. Al igual que el Balneario, estaba rodeado por un pórtico.
El yacimiento que presenta mayor similitud con el excavado en los últimos años junto a los Baños de Fortuna es el Yebel Ust, a poco más de 30 kilómetros de la capital tunecina. Durante época romana funcionó como una estación termal de notable importancia, estructurado en dos ámbitos diferenciados. Al igual que en Fortuna, en Yebel Ust existía un manantial de agua, rodeado por un área sagrada; el agua surgía de una cueva que albergaba un estanque para contener agua (el equivalente en el yacimiento de Fortuna es la piscina escalonada), aunque la temperatura del agua, demasiado elevada, sugiere que en vez de un baño por inmersión se realizase algún tipo de absorción de vapores calientes (similar a una sauna). La parte lúdica, o civil, se localizaba cien metros más abajo del lugar sacro.
