Para explicar los ritos religiosos en la Cueva Negra hay que describir en primer lugar la relación con el Balneario Romano. Sendos yacimientos están íntimamente relacionados, hasta el punto que los que llegan de fuera, atraídos por la fama de los baños, acuden también a la Cueva Negra, como una etapa más, ineludible, del viaje. Antes de plantear cualquier interpretación hay que tener en cuenta el carácter del yacimiento emplazado en los Baños; tendría una parte lúdica (un establecimiento termal, al estilo de los baños públicos tan abundantes en las ciudades romanas), aún sin excavar y una parte medico-religiosa: el templo que enmarca el nacimiento, al que acudían aquellos que deseaban curar sus enfermedades físicas o emocionales.
Los que viajaban con este fin a Fortuna tenían que realizar un circuito completo, que implicaba a acudir a la Cueva Negra, ofrecer a los dioses sus promesas y, a continuación, desplazarse hasta el Balneario, donde también rendían presentes y ofrecían promesas a la divinidad para después tomar las aguas de forma ritualizada esperando la solución a sus males.
A partir del s. I d.C., época de mayor esplendor del Santuario, en la Cueva Negra comienza a documentarse las procesiones y romerías. Aparte del culto a las ninfas y a Baco, uno de los acontecimientos religiosos más importantes y mejor documentados en la Cueva Negra son las celebraciones en honor a la Magna Mater, la Cibeles griega. Aunque no se la menciona nunca, en cuatro ocasiones aparecen versos fechados el 27 de Marzo, día festivo de este ciclo en honor a Cibeles en el que se realizaba la ceremonia de la lavatio, consistente en sumergir en agua la estatua de la diosa tras una procesión. Hay que tener en cuenta la existencia de una fuente de agua natural en la propia cueva, que a lo mejor incluso fue embalsada en pequeños estanques.
Poco se sabe en realidad de cómo era la vida cultual en el recinto sagrado; es probable que ella acudieran los visitantes para pedir distintas gracias y favores, cómo parece deducirse de los epígrafes y que, a cambio de ver cumplido su deseo, tuvieran que cumplir las promesas realizadas a los dioses o bien depositar ofrendas en su honor. En diferentes momentos del año tendrían lugar fiestas especiales o más significativas, como es el caso de la referida anteriormente; por el contexto balneario en el que se emplaza en la Cueva Negra se puede imaginar que predominaron los cultos y súplicas relacionadas con la salud, pero también, por el nombre de Fortuna, es probable que también se celebrasen con particular relieve las fiestas de esta divinidad.
Pervivencia de los cultos romanos
En la Cueva Negra se concentra toda la tradición de Fortuna. En este lugar lo pagano y lo cristiano se juntan. En la Cueva tenían los íberos su santuario, allí dieron culto a las ninfas y a sus dioses los romanos y allí han ido los fortuneros de todas las épocas a reunirse o a buscar solución a sus males.
• Los textos romanos hablan de las ninfas y del agua. Según la tradición a los niños recién nacidos se les bañaba con el agua de la Cueva, que se consideraba "Santa", siendo también recogida la víspera de la Pascua para ser bendecida al día siguiente y distribuirla entre todas las familias para purificar casas, animales y tierras. Igualmente se usaba para socorrer a enfermos y moribundos, que la bebían, e incluso para mojar la boca de los difuntos inmediatamente antes del entierro.
• Los textos romanos hablan de la serpiente que en ese lugar habitaba. Según la tradición en la Cueva había grandes serpientes que salían del manantial y que mamaban la leche de las ovejas. Asimismo se cazaban serpientes que eran sacrificadas en la Cueva Negra para fabricar ungüentos curativos. Los textos romanos hablan de la festividad que se celebraba en las kalendas de abril. La tradición ha conservado la costumbre de acudir a la a la Cueva Negra en la Pascua de Resurrección a celebrar la 'Mona'.