Una vez concluido, el proyecto fue presentado a diversos Organismos de la Marina, autorizándose un nuevo crédito de 25.000 pesetas para cubrir los gastos de investigación. El 20 de abril de 1887 se aprueba la construcción del buque. El 1 de enero de 1888 se inician los trabajos de construcción del Submarino Peral en el Arsenal de la Carraca de Cádiz.
Durante este tiempo, afloran las envidias e imprudencias que provocan desde el robo de los planos por parte de espías extranjeros, hasta distintas acciones de sabotaje. Estas insidias acompañarán a Peral hasta su muerte.
El 8 de septiembre de 1888 el submarino Peral es botado en la bahía de Cádiz, ante una gran expectación, e inicia un amplio protocolo de pruebas que supera con gran éxito. Sin embargo, a pesar de estos éxitos, el proyecto cae en el olvido y el apoyo oficial es retirado el 12 de diciembre de 1890. En estas fechas, Peral se traslada a Madrid para ser operado de cáncer, obteniendo la licencia de la Armada el 5 de noviembre de 1891.
Retirado de la Armada hace un intento de atraer nuevamente el interés público sobre el submarino sin que encuentre repercusión. Después de una temporada trabajando para una empresa privada, funda su propia empresa: el Centro Industrial y de Consultas Electro-Técnicas Isaac Peral, pantentando numerosos inventos, algunos de los cuales siguen vigentes en la actualidad.
El 4 de mayo de 1895, Peral se traslada a Berlín para ser operado nuevamente de cáncer, pero un descuido en las curas le producen una meningitis que acaba con su vida en 22 de mayo. Los restos de Peral son trasladados a Madrid, donde son enterrados el día 29. El 11 de noviembre de 1911, los restos son exhumados y trasladados a Cartagena, donde reposan actualmente.