Aunque existen datos de poblamientos del Paleolítico en lugares de Perín como la Azohía, así como de factorías de salazón de época romana en esta misma zona costera, la Historia documentada de la diputación surge en el siglo XVI. Lo escarpado del terreno y la secular inseguridad del Campo de Cartagena a lo largo de los siglos, por ser lugar de continuas incursiones piratas ya en época medieval y, sobre todo, en época moderna, contribuirían al hecho de que hasta las repoblaciones del siglo XVI no comenzaran a delimitarse caseríos y zonas pobladas con explotaciones agrarias.
El siglo XVIII sería el de mayor crecimiento de Perín, mientras que a finales del XIX y comienzos del XX resurgiría el interés por la minería del interior y de sus fuentes de agua naturales. Hoy día todavía son testigos de los avatares históricos de la zona diversas construcciones religiosas y militares, que pueden visitarse.