El territorio que hoy día ocupa el municipio de Molina de Segura ya era conocido durante la ocupación árabe. Documentos y descripciones de distintos geógrafos árabes nos hablan de Mulina as-Sikka, (Molina de la Calzada), ciudad con castillo o fortaleza, cuyas murallas fueron reconstruidas en el siglo XII, al tiempo que se encauzaban las aguas del Segura para proporcionar riego a sus huertas.
Tras la Reconquista cristiana, su territorio formó parte de la administración de los adelantados de Murcia, hasta el punto que el Rey Fernando VI la concedió en señorío a don Juan Manuel Fajardo, pasando a ser uno de los territorios protagonistas de los enfrentamientos políticos del importante linaje de los Fajardo.
Durante los siglos XVI, XVII y XVIII crecieron poblaciones de Molina de Segura como El Fenazar, cuyo topónimo es de origen mozárabe, detalle que nos indica que estamos ante una de las poblaciones molinenses más antiguas. Recientemente, en el solar ocupado por la antigua empresa de Maximino se encontraron restos que los especialistas retrotraen a época romana, por lo que resultaría fundado remontar el origen de Molina a una cronología mucho más remota que la que tradicionalmente se ha manejado.