Como ocurre con casi todas las pedanías del municipio de Murcia, la Historia documentada de Javalí Nuevo se encuentra enmarcada en los sucesos que tuvieron lugar en todo el municipio tras la conquista del territorio por Alfonso X. Si bien conocemos la génesis de este Javalí Nuevo, en torno al siglo XV y como nueva aportación al núcleo veterano de Javalí Viejo, no se han encontrado referencias exactas que proporcionen información sobre qué era Javalí durante la ocupación musulmana. Sólo la Historia comparada con otras villas hace pensar que, en algún momento, se trató de una alquería, en torno a la cual se generó con el tiempo una aldea.
Al contrario de lo que se pudiera pensar, el origen de su topónimo no está relacionado con el jabalí ni con la supuesta caza del mismo en sus alrededores. El topónimo derivaría de la voz árabe "Yabal Ayl","monte del ciervo" y de su posterior contracción "Yabelí" o "Yabalí", que vendría a significar "montañés o montaraz". Dado que la localidad se sitúa en la cercanía del comienzo de zonas montañosas importantes como Carrascoy, podríamos entender el origen árabe de su nombre.