San José de la Vega queda emplazada al pie de las estribaciones del relieve de la Cresta del Gallo, que forma parte de la Sierra de Carrascoy, otros relieves como el Miravete, que ocupan parte del territorio de pueblos vecinos como Torreagüera y Beniaján también se divisan desde la antigua Tiñosa.
Rambla del Garruchal
Además de estos relieves quedan en la localidad accidentes geográficos relevantes como la Rambla del Garruchal, que recibe este nombre por recoger las aguas que llegarían a la zona desde el puerto de El Garruchal, que tiene a las afueras de San José un antiguo camino de acceso.
Paisaje
Además de las áreas de serranías, donde el paisaje de coníferas como el pino carrasco es el dominante, San José de la Vega, en su lado norte sigue manteniendo una profusa huerta dispersa entre dispersos carriles y caminos de servicio, huerta de cítricos y especies tan clásicas como la higuera.
Para analizar flora y fauna debemos hacer referencia a la que se da en áreas de cultivo y a la silvestre de las cercanas estribaciones de la cordillera sur de las serranías principales del municipio de Murcia.
Los suelos de la localidad son de tipo pardo calizo llegando a tener una concentración alta de limos y arcillas, regados por el afluente del Segura, el río Guadalentín, cuyo curso pasa por el lado noroeste de la localidad. Son suelos ideales para el cultivo de limón, naranja y verduras y hortalizas que se rotan cada temporada, como acelgas, tomates, lechugas, patatas, pavas, etc.
Flora
Junto a los huertos y zonas cultivadas siempre se extienden especies silvestres, sobre todo gramíneas, y una cubierta vegetal compuesta de correhuelas, tréboles, vinagrillos, cañizos y juncos, estos últimos siempre cercanos a los canales de riego.
La vegetación del monte es propia del clima mediterráneo subtropical de la zona. Alternan las zonas arboladas con el monte bajo mediterráneo, siendo el pino carrasco, o pino halepensis, la especie arbórea más común por ser la mejor adaptada, acompañado también por cipreses. Bajo los árboles la vegetación es diversa, esparto, tomillo, romero, bolaga, gramíneas, trepadoras como la malva y otras trepadoras.
Fauna
La fauna no posee ejemplos destacados de grandes aves o mamíferos, tanto la altura del lugar como la cercanía de la zona urbana, que se extiende en sus faldas, limita el tipo de especies que lo habitan.
Las especies avícolas son las más numerosas, con mirlos, tórtolas, abubillas, petirrojos, verderones y carboneros, además de algún ejemplo de mochuelo en sus zonas más altas. Los reptiles son también abundantes, desde lagartijas colilargas a serpientes de herradura y pequeñas culebras que tienen en los pequeños roedores como el ratón de campo e insectívoros como el topo, sus principales presas.