Si bien la existencia de una fortaleza en el cerro del Castellar pueda remontarse a tiempos remotos, la construcción actual es de época islámica. No obstante, la carencia de fuentes documentales impiden precisar la fecha de su fundación, que quizá se podría situar en torno al siglo XII, cuando las condiciones sociopolíticas en el antiguo reino musulmán de Murcia llevaron a la proliferación de castillos rurales que defendían a numerosas explotaciones rurales y les daban cobertura administrativa. Éste pudo ser el caso de Nogalte. Sin embargo, hasta ahora los estudios arqueológicos no han dado con el espacio destinado al refugio de ganado, el albarcar, tan característico de estas construcciones, por lo que su funcionalidad podría ser estrictamente militar, de control de las vías de comunicaciones que unen el sur con el levante peninsular.
Con la incorporación del reino de Murcia a la Corona de Castilla, a mediados del siglo XIII, Nogalte quedó situado en un complicado y peligroso espacio fronterizo ante el emirato de Granada. No obstante, en un primer estadio temporal de la conquista, el monarca castellano donó el castillo y sus términos al noble don Ferrand Pérez de Pina, propietario de un extenso donadío en los confines del reino. Estos señoríos eran, sin embargo, más teóricos que reales, pues la despoblación galopante de aquellas zonas convertía a estas tierras en poco o nada productivas para su propietario. Así, en el contexto de la intervención aragonesa en el reino de Murcia, Fernando IV donaba Nogalte a la ciudad de Lorca en 1299, a cuyo término municipal perteneció hasta 1959.
Al parecer, durante la Baja Edad Media esta fortaleza estuvo integrada en una red defensiva frente a Granada cuyo centro y punto fuerte era el inexpugnable castillo de Lorca. Quizá en un momento, y dada la necesidad de racionalización de los recursos bélicos, la fortaleza de Nogalte fue destruida para que no cayese en manos del enemigo.
Fue, por otra parte, el escenario de diversas algaradas y algunas escaramuzas, frecuentes por otro lado durante los periodos más activos de la guerra fronteriza. El más conocido hecho de armas, y probablemente de mayor envergadura, tuvo lugar en 1392, cuando el alcaide de Lorca Alonso Yáñez Fajardo, al frente de sus huestes, infringió una severa derrota a un contingente nazarí.