En el Museo encontramos salas de arte sacro, orfebrería, ornamentos y pintura donde se recoge una amplia visión de objetos religiosos vinculados a la Santa Cruz. La obra más antigua es la casulla de seda de Chirinos, realizada con tejido hispanomusulmán de los siglos XIII y XIV.
La pintura
Las cuatro tablas de Hernando de Llanos, realizadas hacia 1521, narran la leyenda de la Vera Cruz y formaban parte del primitivo retablo, así como los cuadros del Incendio del altar y San Juan en Patmos. Las seis tablas constituyen el conjunto de pinturas más antiguo del museo.
Las cuatro escenas de la aparición de la cruz: Prendimiento del sacerdote Chirinos; Interrogatorio del prisionero por Abu-Zeit; Misa de Aparición; Bautismo de Abu -Zeit.
Prendimiento del sacerdote Chirinos, un grupo de hombres armados a pie y a caballo enmarcan la escena. Al fondo se divisa la torre y la muralla que nos sitúan en el lugar de la prisión: el alcázar musulmán de Caravaca. Se destaca el protagonismo de Chirinos, como figura central, por medio de su ropaje rosado que contrasta con el oscuro de los moros con semblante fiero.
Interrogatorio del prisionero por Abu-Zeit es una buena composición, con una distribución más dinámica de los personajes. Se consigue sugerir un ambiente cálido del recinto del interrogatorio por el contraste de los colores del interior (amarillos y dorados) y el azul del cielo que se divisa por la ventana.
Misa de Aparición nos relata el hecho central de la tradición caravaqueña sobre la misteriosa aparición durante la misa que el sacerdote ofició delante de la Corte del musulmán. Destacan los dorados del altar.
Bautismo de Abu-Zeit. Aquí contemplamos después del milagro de la aparición el bautismo del moro. Los personajes laterales expresan la alegría por el acontecimiento.
Incendio del altar se basa en la tradición de uno de los sucesos portentosos atribuidos a la Cruz (siglo XIV), como es el relato del incendio del altar y el hecho sorprendente de no dañarse la reliquia ni la caja donde se depositaba, mostrada e indicada por el joven mancebo en medio de las llamas. La pintura es también de Llanos, de inspiración renacentista.
San Juan en Patmos. La figura del apóstol se sitúa escribiendo en la ladera del monte, entre el arbolado y el mar al fondo. El detalle del triple libro nos indica que el que está escribiendo se refiere al Apocalipsis y los otros son sus primeros escritos, Evangelio y cartas. Delante del apóstol, el águila auxiliando con provisiones al evangelista, cuyo símbolo es precisamente el águila. Lo suave del paisaje, la tenue melancolía del rostro y la delicadeza de la composición general nos muestran la influencia renacentista italiana del estilo del Cinquecento. La figura nos hace pensar en algunas figuras de Leonardo da Vinci.
También destaca la pintura atribuida a la escuela de Ribera de San Francisco en la Zarza (siglo XVII) ubicada en la iglesia. Se trata de un óleo sobre lienzo con el típico tenebrismo (contraste de luz y sombra). Se representa la visión del santo en el lugar llamado de la Porciúncula (huerto cercano a su casa en Asís), cuando al arrojarse sobre una mata de espinas que floreció de repente al contacto con su cuerpo después de violentas tentaciones, se le apareció un ángel.
La Curación de Tobías, pintura neoclásica del pintor caravaqueño Rafael Tejeo (siglo XIX), que representa la curación del anciano Tobit por medio de su hijo Tobías que cuenta el relato bíblico. Se trata de un óleo sobre lienzo de grandes dimensiones, donde el viejo Tobit está colocado en el centro de la composición y en torno a él se distribuyen las otras tres figuras, entre ellas el arcángel Rafael.
La orfebrería
En la orfebrería renacentista y barroca destaca la custodia-relicario, montada con elementos de diversas épocas y estilos, la Arqueta de las Cantoneras del siglo XIII y el Cáliz Ostensorio del siglo XVIII. También se encuentra el Templete Procesional neo-gótico en plata, del siglo XX.