Orígenes
El edificio parece que tiene sus orígenes en época medieval, aunque otras fuentes apuntan al siglo XVI. Ha sufrido a lo largo de su historia profundas reparaciones y obras.
La noticia documental más antigua, hasta ahora conocida relativa a la iglesia de San Pedro Apóstol, data de 1545: un testador especifica que la parte donada se gaste en la fábrica parroquial. Del mismo modo, un libro de visita de 1586 detalla que el entonces Comendador de la orden de San Juan de Jerusalén, de Rodas y de Malta, Juan Jufre de Loaisa, costeó los arreglos de la capilla de San Juan.
Reparaciones
De sus numerosas reparaciones, destacar la de 1736, siendo comendador Fr. D. Diego de Vergara y Vela, ejecutando los arcos en las Capillas de Ntra. Sra. del Rosario y Santísimo Cristo, Diego Gutiérrez, maestro alarife; y el tejado de la Capilla de San Antonio ejecutado y finalizado por Diego Bueno, maestro alarife.
Tras el devastador paso del ejército francés del mariscal Soult por la villa, en septiembre de 1812, se inició en 1813 la reparación de la Iglesia de San Pedro, a cargo del maestro de obras José Polo y Pavía, arquitecto cartagenero nacido en 1780. La restauración fue concluida en 1820 tras siete años de trabajo.
Evolución urbana
El marco urbano donde se encuentra el inmueble constituyó el centro de la población desde el siglo XVI hasta los comienzos del XX, en que se desplazó hasta otro punto neurálgico buscando el encuentro con la carretera comarcal.
Personajes
Numerosas son las personas que a lo largo del tiempo estuvieron vinculadas a la historia del edificio por diferentes motivos. Juan Diez, escultor que realiza una imagen de San Juan, en Valencia, de 1944, que se encuentra en la Capilla del Baptisterio.
También merece un lugar destacado Don Juan Jufre de Loaisa, Comendador de la orden de San Juan de Jerusalén, de Rodas y de Malta. En el siglo XVI costeó los arreglos de la capilla de San Juan.
Por último sobresale la persona de Don José Polo y Pavía, arquitecto cartagenero nacido en 1780 que restaura la iglesia de San Pedro en 1813, después del paso de las tropas francesas por la villa.