En época islámica
El castillo ha sido objeto de diferentes estudios, entre los que destacan por su relevancia los dirigidos por el arqueólogo Indalecio Pozo y el más reciente publicado por Manzano Martínez. El primer investigador vinculó el topónimo del castillo de Yayttila, mencionado por el geógrafo musulmán al-Udri a mediados del siglo XII, aunque la identificación de este lugar con el Santuario de la Encarnación por el profesor Carmona González ha venido a complicar el asunto.
Fuese de una manera u otra, los restos cerámicos que se encuentran en torno al yacimiento, demuestran una ocupación del lugar durante los siglos XI al XIII, por lo que hay que relacionarlo con la importancia estratégica de Celda, como centro de comunicaciones entre Lorca y Caravaca con el norte del reino murciano y el de Granada, y como cabeza visible de las explotaciones agropecuarias que se hubieron de dar en torno al yacimiento gracias a la existencia de acuíferos, como la fuente de La Capellanía. Fue quizá en este periodo cuando surgiría un enclave de poblamiento compuesto por una fortificación y una población media asociada, que también centralizaría las relaciones comerciales y administrativas del campo circundante.
Durante la Baja Edad Media
Sin embargo, es en época cristiana cuando comienzan a aparecer noticias del castillo de Celda en las fuentes documentales. Al parecer, en 1277, el lugar fue donado por Alfonso X el Sabio al concejo de Lorca, por lo que parece, para evitar la despoblación que se estaría dando en el lugar, en una tónica generalizada en todo el reino de Murcia. En 1285, Sancho IV concedería el castillo y su término en señorío a Nicolás Pérez de Valdebarraz, el heroico alcaide castellano de Alicante, quien acabaría ejecutado por orden de Jaime II de Aragón por su enconada defensa de la fortaleza alicantina durante el asedio en 1296.
Tras la reorganización administrativa producida con la ocupación aragonesa del reino de Murcia (1296-1304), Celda aparece, junto a Coy y Canara, bajo el poder señorial de Ruy Pérez de Canara, a cuyos descendientes quedaría ligado el lugar hasta 1340, cuando, junto a Coy, fue vendida al marqués de Villena, Don Sancho Manuel. Y a pesar de los intentos de Lorca por hacerse con su jurisdicción, Celda sería finalmente anexionada a los señoríos que la Orden de Santiago poseyó en el Reino de Murcia, y pasó a depender de la encomienda de Caravaca a partir de 1381, en cuyo término municipal permanece en nuestros días.
Al parecer, a finales del siglo XV la alquería fue puesta en explotación con diversos regadíos protegidos por su fortaleza, que probablemente había resistido como atalaya y punto de control del territorio, defendiendo el diluido espacio fronterizo con Granada. Sin embargo, según Alonso Navarro, en el siglo XVI el castillo de Celda fue demolido para evitar que pudiera ser ocupado por bandoleros o salteadores de caminos.